Ich hätte nochmal eine Verständnisfrage zum Comet-Assay Verfahren:

Sind die Zellen schon während der Exposition in der selben Agarose-Puffersubstanz, welche bei der Elektrophorese mit Strom durchflossen wird,

nein.

oder werden die Zellen nach der Exposition erst isoliert (gefiltert), dann lysiert und dann für die Elektrophorese auf eine "frische" Agarose-Grundlage aufgestrichen ?

ja (jedenfalls so ungefähr). Nach Angaben der Publikationen werden ca. 10,000 - 30,000 Zellen aus den Petrischalen auf die Agarose pipettiert, dann erfolgt die Lyse, anschließend die Elektrophorese.

Noch eine Frage: Befinden sich die Zellproben während Exposition und Elektrophorese nur auf der Oberfläche der Agarose, oder sind sie mit der Agarose "vermischt" ?

Vermischt (aber erst NACH der Exposition).